L'église et l'ancien hôpital occupent tout un côté de la Praça Zacarias Guerreiro. L'Hospital do Espírito Santo fut élevé à partir de 1454 pour les malades et les blessés des expéditions au Maroc, et il resta l'hôpital de la ville jusque dans les années 2000. L'église, telle qu'elle se présente, est plus récente : reconstruite à partir de 1752 sur le projet de Diogo Tavares de Ataíde, retardée par le tremblement de terre de 1755 et achevée en 1768, l'une des rares églises baroques de l'Algarve sur plan octogonal. À l'intérieur, le maître-autel est peint, non sculpté ; les colonnes sont un trompe-l'œil de 1805. Et dans une chapelle latérale se trouve une voûte étoilée du XVIe siècle avec les armes de deux lignées nobles sur les clés.
L'hôpital est plus ancien que l'église. La Santa Casa da Misericórdia le date de 1425 et de deux confréries, São Brás et Espírito Santo ; la municipalité compte à partir de 1454, quand il fut élevé sur un terrain donné par Afonso V pour les malades et les blessés des expéditions au Maroc. Le plus ancien élément visible est la chapelle de gauche, fondée au XVIe siècle par D. Mécia Corte Real : une voûte étoilée avec les armes des familles Melo et Costa sur les clés. Une pierre tombale de 1549 s'y trouve encore, et le sol est fait de pierres tombales réemployées.
Jusqu'en 1721, l'église s'appelait Espírito Santo, comme l'hôpital. Puis elle devint São José. La municipalité écrit que, "raconte-t-on", la raison en fut un miracle survenu cette année-là avec une statue du saint, qui se trouve aujourd'hui dans l'un des petits autels près de l'arc triomphal ; une tradition plus tardive dit qu'elle sua du sang. L'hôpital garda son nom. Le 24 juillet 1747, D. João V donna à l'église le titre de Capela Real et la prit sous sa protection ; d'où les armes royales surmontées d'une couronne au-dessus du maître-autel et la pierre armoriée avec couronne et colombe sur la façade.
En 1752, la couronne décida de reconstruire l'église et l'hôpital sous la direction de Diogo Tavares de Ataíde, de Faro. Trois ans plus tard vint le tremblement de terre, et les travaux traînèrent jusqu'en 1768, la date inscrite au fronton. Tavares mourut en 1765, avant l'achèvement. Le plan est un rectangle aux angles coupés, un octogone irrégulier sur le modèle de l'église du Menino Deus à Lisbonne, de 1712, et ce type est rare en Algarve. Le maître-autel vint en 1805, quand Joaquim Rasquinho peignit colonnes et retable en trompe-l'œil. Seuls le trône et deux consoles sont vrais.
La Santa Casa reprit l'hôpital en 1921, quand l'inflation d'après la Première Guerre mondiale avait ruiné ses finances. Il resta l'hôpital de la ville jusque dans les années 2000, puis le bâtiment demeura fermé ; une grande partie du mobilier disparut pendant ces années, dit la Santa Casa, mais elle conserve encore une liasse de parchemins de la fondation. Le 24 juin 2023, le Núcleo de São José ouvrit dans trois salles de l'hôpital, avec entrée par l'église : instruments, produits de pharmacie du XXe siècle, plaques de salles de malades et tableaux de bienfaiteurs.
Le musée est ouvert en semaine de 10 h à 12 h 30 et de 14 h à 17 h, une autre source dit à partir de 9 h ; on entre par l'église. Cherchez la date au fronton, la pierre armoriée avec couronne et colombe et, sur le mur nord, le petit Passo, une station de procession. À l'intérieur : la voûte étoilée de la chapelle de gauche, les pierres tombales du sol et le maître-autel, où l'on ne voit que de près que les colonnes sont peintes. Les deux petits autels près de l'arc triomphal sont des oratoires derrière une vitre.
Des églises octogonales, il n'y en a pas beaucoup en Algarve. Le modèle est le Menino Deus de Lisbonne, de 1712. Les sources ne disent pas pourquoi, mais l'église était Capela Real depuis 1747, et la reconstruction fut une décision royale, si bien que la commande n'alla pas au maître maçon le plus proche. Le livre de Daniel Santana sur Diogo Tavares de Ataíde s'intitule tout simplement Arquiteto Algarvio. Il mourut en 1765, trois ans avant l'achèvement de l'église, de sorte que les dernières années furent bâties par d'autres d'après son projet. Le texte de classement écrit que l'église fut "dessinée en 1768". Cela ne cadre pas avec l'année de sa mort, et nous laissons la question ouverte.
L'aile de l'hôpital est une longue façade lisse et blanchie à la chaux, avec un seul fronton baroque pour tout ornement, et derrière, une extension moderne. Ce n'est pas l'architecture qui retient les gens. C'est que les habitants de Tavira furent soignés ici pendant plus de cinq cents ans, et que les dernières générations s'en souviennent elles-mêmes ; quand la Santa Casa fêta São José en 2025, l'un des points du programme était "Chá e Memórias", un thé de l'après-midi avec d'anciens employés de l'hôpital. Le musée, ce sont trois salles, bien peu au regard de cette histoire. Beaucoup disparut pendant que le bâtiment restait vide. Mais les parchemins de la fondation y sont encore, et l'église sert toujours.