L'église au sommet de la colline est l'église principale de Tavira, et l'essentiel de ce que l'on voit date des années 1790. Le tremblement de terre de 1755 l'a gravement endommagée, et l'évêque Francisco Gomes do Avelar la fit reconstruire en église néoclassique par l'Italien Francisco Xavier Fabri. Mais le portail de la façade est gothique, d'environ 1400, et d'après les chroniques l'église se dresse là où se trouvait la grande mosquée de la ville quand l'ordre de Santiago prit Tavira en 1242. Dans le chœur reposent, dit la tradition, Paio Peres Correia et les sept chevaliers dont la mort fut l'occasion de la conquête. Qu'il repose vraiment ici est contesté. La pierre vaut tout de même le coup d'œil.
La chronique dit que l'ordre de Santiago fit de la grande mosquée l'église Santa Maria quand il prit Tavira, selon la datation courante le 11 juin 1242. De la mosquée, rien n'a été mis en évidence. La tour de l'horloge est peut-être le minaret : elle est carrée et large d'environ cinq mètres, quand les minarets modestes faisaient moins de trois. Mais une gravure du XVIIe siècle montre la façade avec deux grandes tours, si bien que personne ne sait si c'est celle-ci. Le chœur est tourné vers l'est, et l'historien Luís Campos Paulo en conclut que l'église a été bâtie à neuf ; la mosquée se trouvait tout au plus en partie sous elle.
Le portail principal, à quatre archivoltes en arc brisé et chapiteaux à feuillages, date d'environ 1400 et fut intégré à la nouvelle façade après 1755. Le chœur et deux chapelles latérales sont gothiques aussi. La Capela do Senhor dos Passos est manuéline, des années 1510, payée par Lançarote de Melo, comendador de l'ordre ; la voûte a des clés héraldiques et, à la retombée des nervures, deux dragons et une ceinture à boucle. Les visites de l'ordre à partir de 1554 notent des remaniements : des piliers de pierre à la place des colonnes de marbre, des voûtes à la place d'un toit de roseaux.
La reconstruction commença en 1790 sous l'évêque Francisco Gomes do Avelar, d'après le projet de l'Italien Francisco Xavier Fabri, et le musée municipal la qualifie de plus importante église néoclassique de l'Algarve. Le retable principal n'est pas construit mais peint : un trompe-l'œil attribué à Joaquim José Rasquinho, de Loulé, l'un des rares en Algarve. Derrière lui, on a trouvé en 2021 une chambre de bois avec un trône à degrés et des parois peintes du nom de Dieu en hébreu, de blé et de raisins, inachevée et recouverte pendant quelque 200 ans.
Sur le côté droit du chœur se trouve une pierre gravée pour les sept martyrs : le comendador-mor de l'ordre, cinq chevaliers et un marchand qui, d'après la chronique, furent tués à la chasse près d'Antas pendant une trêve. Paio Peres Correia les vengea et prit la ville. Sa propre pierre tombale dit qu'il mourut le 10 février 1275 et fut déposé ici en 1751 ; les ossements avaient été trouvés vers 1724. La tradition espagnole dit Talavera, puis Tentudía, et juge Tavira improbable. C'est une meilleure histoire que la version sûre.
Le portail est la partie la plus ancienne de la façade. Les stations du chemin de croix sont taillées dans la pierre sur les murs extérieurs. À l'intérieur, la pierre des martyrs se trouve sur le côté droit du chœur, et le retable principal ressemble à de la pierre mais c'est une peinture. La commune a des travaux de toiture en cours (un peu moins de 400 000 euros), si bien que des parties de l'église peuvent être fermées. L'église fait partie de la Rota dos Templos Marianos.
Elle se trouve tout en haut, à l'intérieur de l'enceinte du château, parce que la mosquée était là, au point le plus élevé et le mieux protégé de la ville. Tavira n'avait, selon toute apparence, qu'une seule mosquée, agrandie plusieurs fois. Les conquérants la purifièrent, la dédièrent à Marie et dressèrent un autel à saint Barnabé, parce que la ville tomba le jour de sa fête ; la procession de chaque année, le 11 juin, est la source de la date elle-même. Combien il reste de la mosquée, personne ne peut le dire sans piquer l'enduit de la tour de l'horloge. Sandra Cavaco l'a proposé. Cela ne s'est pas fait.
Ce qui est intéressant, ce sont les couches. Un portail gothique et un chœur médiéval, une chapelle manuéline avec des dragons dans la voûte, des azulejos de 1748, et autour de tout cela une église néoclassique des années 1790 avec un autel peint pour ressembler à de la pierre. Derrière l'autel, une pièce que quelqu'un a abandonnée et recouverte il y a 200 ans. Même les tombes sont deux histoires : Paio Peres Correia a une pierre tombale ici et une tombe en Espagne. L'église est moins gothique que sa réputation et plus intéressante que cela n'en a l'air.