Depuis la Rua da Atalaia, on voit un portail manuélin en pierre dans un long mur fermé. Derrière, des gens habitent. Le Convento das Bernardas fut le seul couvent de l'ordre cistercien en Algarve et le plus grand couvent de femmes de la région, fondé en 1509 par D. Manuel Ier en remerciement de l'échec d'une attaque maure contre Arzila. Les religieuses le quittèrent en 1862, à partir de 1890 il fut minoterie et fabrique de pâtes à vapeur, et en 2012 il devint 78 logements dessinés par Eduardo Souto de Moura. Le portail est ce qui reste de plus ancien du XVIe siècle. Le reste est une propriété privée qui se regarde de l'extérieur, mais c'est une des meilleures histoires de bâtiment de la ville, et elle se lit depuis le trottoir.
D. Manuel Ier fonda le couvent en 1509 en remerciement de l'échec d'une attaque maure contre l'Arzila portugaise, au Maroc ; selon le musée de la ville, les Tavirais eux-mêmes avaient joué un rôle dans la levée du siège. La maison était destinée à des clarisses, mais l'évêque D. Fernando Coutinho l'acheva en 1528, y installa sa sœur comme première abbesse et la remit en 1530 aux moniales cisterciennes. Pendant trois cents ans, ce fut la seule maison de l'ordre en Algarve et le plus grand couvent de femmes de la région, avec des religieuses venues de toute l'Algarve.
Le portail est manuélin, mais rehaussé de fogaréus baroques, et l'inscription qui le surmonte est datée de 1676. Personne ne sait avec quelle force le tremblement de terre de 1755 a frappé, mais on a reconstruit dans la seconde moitié du XVIIIe siècle. Les religieuses n'étaient pas dociles. En 1787, la Misericórdia décida que la procession du Jeudi saint ne passerait plus jamais devant le couvent, parce que l'année précédente les sœurs avaient fait taire les prêtres pendant la litanie. Quand les capucins construisirent juste en face, vers 1600, naquit la légende d'un tunnel secret entre les deux maisons. Les conduits que l'on a trouvés font quelques mètres de long.
En 1862, le couvent fut supprimé et nationalisé, un incendie en emporta une partie en 1863, et en 1866 José Maria de Lemos acheta le bâtiment. La dernière religieuse mourut en 1869 dans une maison de la Rua de S. Sebastião. Quand l'architecte Albrecht Haupt vit les lieux en 1888, c'était "en ruine complète", mais le cloître tenait encore debout avec ses colonnes octogonales. À partir de 1890, ce fut une minoterie et une fabrique de pâtes à vapeur. Après 1920, le cloître, l'aile centrale et le clocher furent démolis. La fabrique ferma en 1968.
Une procédure de classement fut ouverte en 2000 et devint caduque en 2009, le bâtiment n'a donc aucune protection légale. Cela s'est bien passé quand même. Souto de Moura dessina la reconversion en 2006-09, et en 2012 les 78 logements étaient achevés : 57 dans les ailes du couvent, 21 maisons en bande neuves dans un bâtiment en L vers l'est. La nef de l'église est l'accueil, et le cloître est devenu une cour avec bassin. En 2017, le projet a reçu le European Award for Architectural Heritage Intervention pour avoir construit des logements de vacances pour un maître d'ouvrage privé sans détruire le couvent.
Habitation privée, pas d'accès. Le portail se trouve dans la façade nord, sur la Rua da Atalaia ; cherchez les fogaréus baroques et l'année 1676 au-dessus de l'arc. Si l'on fait le tour par le côté sud, vers le marais salé, on voit la longue façade arrière tournée vers le Gilão et l'on comprend pourquoi le couvent pouvait posséder des moulins là-bas.
Le couvent se trouve sur l'ancien Campo da Atalaia, là où la ville cède la place au marais salé le long de la rive droite du Gilão. C'était la périphérie, et cela convenait à un couvent de femmes cloîtré entouré d'un mur rectangulaire. L'eau venait de la Fonte da Atalaia, que le roi donna dès 1492, et le marais au-dehors rapportait : les moulins à grain du couvent, là-bas, étaient encore son bien le plus important en 1823. La maison était la plus grande de son genre dans la région, et c'est pourquoi le gouvernement regroupa les bernardines de l'Algarve précisément ici en 1836.
Moins qu'on ne le croit, et plus qu'on ne le craint. Le cloître, l'aile centrale et le clocher ont disparu à l'époque de la fabrique, si bien que les colonnes que Haupt dessina en 1888 n'existent plus. Restent le portail, les murs de l'église avec les arcs vers le chœur et le transept, les fenêtres des cellules dans l'aile ouest et la pierre épaisse des ailes. Souto de Moura les a laissés debout et a glissé les logements derrière ; la cour avec le bassin se trouve à peu près là où était le cloître. Ce n'est pas un musée, et c'est sans doute pour cela qu'il existe. Un bâtiment sans classement survit le mieux quand quelqu'un paie pour y habiter.