O portal é aquilo por que se vem. André Pilarte, mestre-pedreiro com passado nos estaleiros dos Jerónimos em Lisboa, lavrou-o para a irmandade da Misericórdia ao abrigo de um contrato de 1541 que exigia um portal "à verdadeira romana". É Renascimento no Algarve, cedo e melhor do que a maior parte; Haupt, citado no inventário do Estado, chamou-lhe o melhor exemplar da Renascença em todo o Algarve. A igreja atrás dele ficou pronta em 1552, tem três naves, o que é raro numa igreja de Misericórdia, e está revestida por dentro de talha dourada de 1722 e azulejos azuis e brancos de 1760. A irmandade ainda é dona dela e abriu-a como museu em 2010.
A irmandade é de cerca de 1498. A 24 de novembro de 1541 celebrou contrato com "mestre André Pilart" para uma igreja nova, e o contrato diz o que ela deve ter: "seu portal de pedraria à verdadeira romana, que seja portal honrado como pertence a tal obra como esta há-de ser". Pilarte vivia em Tavira e dirigia a mais importante oficina de cantaria da cidade em meados do século XVI. O remate do portal veio com um novo contrato em 1551, quando a igreja já estava acabada, juntamente com a sacristia e a Casa do Despacho. Em agosto de 1552 estava tudo concluído. O contrato com a assinatura de Pilarte continua no arquivo da irmandade.
Por dentro é um salão sobre colunas em quatro tramos, e os capitéis não são iguais; agrupam-se em cinco modelos no estilo fantasiado do tempo de D. João III. O primeiro retábulo-mor foi assente em 1559. Em 1722 encomendou-se ao entalhador local Manuel Abreu do Ó um novo retábulo-mor e dois altares colaterais em talha dourada. Depois vieram os azulejos. A data está pintada junto ao altar colateral de Nossa Senhora da Conceição, "ANNO de 1760", e os painéis, vindos de Lisboa, mostram as catorze obras de misericórdia, as corporais do lado da Epístola e as espirituais do lado do Evangelho, além de cenas da vida de Cristo. Quanto a quem os pintou, as fontes não estão de acordo.
Segundo o Turismo de Portugal, a igreja serviu de matriz depois do terramoto de 1755, até Santa Maria ser reconsagrada em 1800; os inventários portugueses não o referem. A República, em 1910, pôs fim às procissões da Semana Santa. A classificação chegou em 1943, no mesmo ano em que os telhados foram dados como em ruína. Em 1958 o Povo Algarvio escreveu "A igreja da Misericórdia, suplica Misericórdia", e o Estado reparou telhados, tetos e fachadas até 1970. Nesse ano a igreja foi cedida à Câmara para um museu de arte sacra que nunca chegou a existir. Em 1981 a procissão de Sexta-feira Santa voltou a sair, e em 2010 a igreja abriu como museu.
Ponha-se de frente para o portal, não de lado. Ele está virado a sul, para a rua que leva a uma das antigas portas da cidade, de modo a ser visto de frente à distância. Nas pilastras há grotescos com taças, demónios, cisnes e putti; nas arquivoltas, cavalos-marinhos, sereias, águias, grifos e uma figura com uma viola. Sobre a cornija, uma janela redonda; por cima, Nossa Senhora da Misericórdia sob um baldaquino, as armas reais à esquerda, as armas da cidade à direita e Pedro e Paulo no topo. Lá dentro, procure a data de 1760 junto ao altar da Conceição. A igreja e as antigas salas do conselho, as Salas do Despacho, são geridas como museu pela Santa Casa; as salas servem para exposições.
As igrejas orientam-se nascente-poente. Esta vira a fachada a sul, para a rua que levava a uma porta da cidade, e não é descuido. O inventário do Estado lê-o como um gesto renascentista deliberado: a igreja devia ser vista de frente e impor-se na rua. Condiz com o contrato, que exige um portal "honrado", e com Pilarte, que tinha visto o que se construía em Lisboa. Uma pequena cidade de província ficou com uma fachada a que Haupt não encontrou igual no Algarve.
A maior parte das igrejas desta idade acabou nas mãos do Estado ou da paróquia. Esta continua a pertencer à Santa Casa da Misericórdia de Tavira, que teve aqui a sua sede até 1986 e que, segundo o Barlavento, guarda o mais antigo arquivo conhecido da cidade, com pergaminhos de 1425 e o contrato de Pilarte de 1541. A irmandade gere hoje lares de idosos, e a igreja é o seu museu. Isso torna-a menos monumento e mais local de trabalho, um destino melhor do que o museu de arte sacra que nunca chegou a existir.