La chiesa e il vecchio ospedale occupano un intero lato della Praça Zacarias Guerreiro. L'Hospital do Espírito Santo fu eretto a partire dal 1454 per i malati e i feriti delle spedizioni in Marocco, e rimase l'ospedale della città fino agli anni 2000 inoltrati. La chiesa, com'è oggi, è più recente: ricostruita dal 1752 su progetto di Diogo Tavares de Ataíde, ritardata dal terremoto del 1755 e finita nel 1768, una delle poche chiese barocche dell'Algarve a pianta ottagonale. All'interno l'altare maggiore è dipinto, non scolpito; le colonne sono un trompe-l'œil del 1805. E in una cappella laterale c'è una volta stellata del XVI secolo con gli stemmi di due casate nobili nelle chiavi.
L'ospedale è più antico della chiesa. La Santa Casa da Misericórdia lo data al 1425 e a due confraternite, São Brás ed Espírito Santo; il comune conta dal 1454, quando fu eretto su un terreno donato da Afonso V per i malati e i feriti delle spedizioni in Marocco. La parte più antica che si vede è la cappella a sinistra, fondata nel XVI secolo da D. Mécia Corte Real: una volta stellata con gli stemmi delle famiglie Melo e Costa nelle chiavi. Una lapide del 1549 è ancora lì, e il pavimento è fatto di lapidi di reimpiego.
Fino al 1721 la chiesa si chiamava Espírito Santo, come l'ospedale. Poi divenne São José. Il comune scrive che "si racconta" che il motivo fu un miracolo avvenuto quell'anno con una statua del santo, oggi in uno dei piccoli altari accanto all'arco trionfale; una tradizione più tarda dice che sudò sangue. L'ospedale tenne il suo nome. Il 24 luglio 1747 D. João V diede alla chiesa il titolo di Capela Real e la prese sotto la sua protezione; da qui lo stemma reale con la corona sopra l'altare maggiore e la pietra armoriale con corona e colomba sulla facciata.
Nel 1752 la corona decise di ricostruire chiesa e ospedale sotto la direzione di Diogo Tavares de Ataíde, di Faro. Tre anni dopo venne il terremoto, e i lavori si trascinarono fino al 1768, la data sul frontone. Tavares morì nel 1765, prima che fosse finita. La pianta è un rettangolo con gli angoli tagliati, un ottagono irregolare sul modello della chiesa del Menino Deus a Lisbona, del 1712, e il tipo è raro in Algarve. L'altare maggiore arrivò nel 1805, quando Joaquim Rasquinho dipinse colonne e retablo in trompe-l'œil. Solo il trono e due mensole sono veri.
La Santa Casa rilevò l'ospedale nel 1921, quando l'inflazione seguita alla Prima guerra mondiale ne aveva rovinato le finanze. Rimase l'ospedale della città fino agli anni 2000 inoltrati, e poi l'edificio restò chiuso; molto dell'arredo sparì in quegli anni, dice la Santa Casa, ma un fascio di pergamene della fondazione lo conservano ancora. Il 24 giugno 2023 aprì il Núcleo de São José in tre stanze dell'ospedale con ingresso dalla chiesa: strumenti, prodotti da farmacia del Novecento, targhe delle corsie e tavole dei benefattori.
Il museo è aperto nei giorni feriali dalle 10 alle 12.30 e dalle 14 alle 17, un'altra fonte dice dalle 9; si entra dalla chiesa. Cercate la data sul frontone, la pietra armoriale con corona e colomba e, sul muro nord, il piccolo Passo, una stazione di processione. All'interno: la volta stellata della cappella a sinistra, le lapidi del pavimento e l'altare maggiore, dove solo da vicino si vede che le colonne sono dipinte. I due piccoli altari accanto all'arco trionfale sono oratori dietro un vetro.
Di chiese ottagonali in Algarve non ce ne sono molte. Il modello è il Menino Deus di Lisbona, del 1712. Le fonti non dicono perché, ma la chiesa era Capela Real dal 1747, e la ricostruzione fu una decisione regia, quindi l'incarico non andò al capomastro più vicino. Il libro di Daniel Santana su Diogo Tavares de Ataíde si intitola semplicemente Arquiteto Algarvio. Morì nel 1765, tre anni prima che la chiesa fosse finita, quindi gli ultimi anni furono costruiti da altri secondo il suo progetto. Il testo del vincolo scrive che la chiesa fu "disegnata nel 1768". Non torna con l'anno della morte, e lasciamo la questione aperta.
L'ala dell'ospedale è una lunga facciata liscia e imbiancata a calce, con un solo frontone barocco come ornamento, e dietro un'aggiunta moderna. Non è l'architettura a trattenere la gente. È che gli abitanti di Tavira furono curati qui per più di cinquecento anni, e che le ultime generazioni se lo ricordano di persona; quando la Santa Casa festeggiò São José nel 2025, uno dei punti del programma era "Chá e Memórias", un tè del pomeriggio con ex dipendenti dell'ospedale. Il museo sono tre stanze, poco rispetto a quella storia. Molto sparì mentre l'edificio restava vuoto. Ma le pergamene della fondazione sono ancora lì, e la chiesa è ancora in uso.