Le due cupole sopra la linea del tetto sono la prima cosa che si vede, e sono il risultato di una chiesa che si è girata due volte. La Igreja de São Francisco è ciò che resta del più antico convento di Tavira, fondato dai francescani fuori dalle mura della città alla fine del XIII secolo o all'inizio del XIV. I terremoti del 1722 e del 1755, un crollo intorno al 1840 e un incendio causato da un fulmine nel 1881 si portarono via gran parte della chiesa conventuale gotica. Restano la volta a costoloni della sagrestia e due cappelle gotiche, aperte nel giardino accanto. Il resto è il rifacimento del XIX secolo, ed è quello che rende il posto degno di una sosta. Poche chiese mostrano così chiaramente che cosa una confraternita di laici abbia fatto di una rovina.
Nessuno sa quando i francescani arrivarono a Tavira. Il convento manca nell'elenco dell'ordine del 1272 e compare per la prima volta in uno nuovo del 1330. Una cronaca francescana dice che furono i templari a fondare la casa. Una storia migliore di quella vera, ma nessun documento la sostiene. Damião de Vasconcelos nel 1881 definì il convento "o mais antigo do Algarve", e la cosa regge. Si trovava fuori dalle mura, con il portale principale rivolto a ovest, verso quello che oggi è il giardino.
Entrate in sagrestia. Il soffitto è una volta a costoloni sexpartita, raccolta in un'unica chiave di volta sopra capitelli a fogliame, imparentata con gli scalpellini del monastero di Batalha nel XV secolo. Qualcuno ipotizza che la sala fosse la sala capitolare. Fuori, nel giardino, stanno due cappelle gotiche senza tetto: la Capela dos Machados, della fine del XIV secolo, con segni di scalpellino, e la Capela dos Costas, del XV secolo, legata al mercante Luís Afonso Painho intorno al 1458. Cappelle funerarie per i commercianti della città, non per la nobiltà.
Nel 1517 D. Manuel riformò il convento e fece mettere il suo stemma e la sfera armillare nella volta del coro. Nel XVI secolo la chiesa ospitò la confraternita che divenne la Santa Casa da Misericórdia, e alla fine del XVII secolo la confraternita di laici Ordem Terceira de São Francisco prese il transetto. Nel 1743 Francisco Pereira costruì la Casa do Despacho della confraternita. Poi vennero i terremoti del 1722 e del 1755. Nel 1758 il convento non era ancora stato riparato.
Quando gli ordini furono soppressi nel 1834, la chiesa finì all'Ordem Terceira. Intorno al 1840 o al 1843 crollò una parte della navata. La confraternita abbandonò la navata, aprì una porta dove era stato l'altare e girò l'ingresso verso la caserma Quartel da Atalaia. Nel 1844 il comune comprò il terreno della navata per farne il cimitero cittadino. Nel 1881 cadde un fulmine e la chiesa bruciò. Nel 1884 la girarono di nuovo, ora con l'ingresso dalla piazza attraverso il braccio nord del transetto. Da qui la cupola sulla crociera e la cupola con lanterna sull'antico coro. Dentro: pala d'altare barocca e sei nicchie con figure processionali.
Il portale principale guarda a nord, verso la Praça Zacarias Guerreiro, che la chiesa condivide con la Igreja de São José do Hospital. Il giardino accanto è comunale e aperto; le due cappelle gotiche vi stanno isolate. Nel 2025 il comune e l'Ordem Terceira hanno concordato un restauro di tetti, facciate e campanile per 1,27 milioni di euro, quindi aspettatevi impalcature. La Procissão dos Passos, a Pasqua, parte da qui.
Gli ordini mendicanti costruivano dove c'erano spazio e gente, e cioè fuori dalle mura. Il convento stava fuori dalle mura con la porta principale a ovest, e la città crebbe intorno. Il terreno ha cambiato uso ogni volta che la città ne ha avuto bisogno: cimitero dal 1844, perché quello vecchio nel castello andava sostituito, giardino dopo il 1918. Il giardino è di circa 1.800 metri quadrati, e le cappelle vi stanno come mobili di una casa demolita.
La chiesa non è un monumento tutelato. La pratica è stata aperta nel 2020 e nel 2024 risultava ancora "em vias de classificação". L'esitazione si capisce. Il gotico è poco, il resto è rattoppo del XIX secolo. Ma è anche questo il punto. Si sta in un edificio girato due volte da una confraternita che ha rattoppato e ricostruito invece di ricominciare da capo. Il restauro del 2025 riguarda tetti, facciate e campanile, e l'ordine si è impegnato a tenere la chiesa aperta ai visitatori per almeno dieci anni.