Il portale è ciò per cui si viene. André Pilarte, maestro muratore con un passato nel cantiere dei Jerónimos a Lisbona, lo scolpì per la confraternita della Misericordia in base a un contratto del 1541 che pretendeva un portale "alla vera romana". È Rinascimento in Algarve, precoce e migliore della maggior parte; Haupt, citato nell'inventario dello Stato, lo definì il miglior esempio del Rinascimento in tutto l'Algarve. La chiesa dietro fu finita nel 1552, ha tre navate, cosa rara per una chiesa di Misericórdia, ed è rivestita all'interno di intagli dorati del 1722 e di azulejos bianchi e blu del 1760. La confraternita ne è ancora proprietaria e l'ha aperta come museo nel 2010.
La confraternita risale al 1498 circa. Il 24 novembre 1541 stipulò un contratto con "mestre André Pilart" per una chiesa nuova, e il contratto dice che cosa deve avere: "il suo portale di pietra lavorata alla vera romana, un portale onorevole, come si addice a un'opera come questa". Pilarte abitava a Tavira e dirigeva la più importante bottega di scalpellini della città a metà del Cinquecento. La parte superiore del portale arrivò con un nuovo contratto nel 1551, quando la chiesa era già finita, insieme alla sagrestia e alla Casa do Despacho. Nell'agosto del 1552 tutto era concluso. Il contratto con la firma di Pilarte si trova ancora nell'archivio della confraternita.
Dentro è una sala su colonne in quattro campate, e i capitelli non sono uguali; si dividono in cinque modelli nello stile fantasioso dell'epoca di João III. Il primo altare maggiore fu montato nel 1559. Nel 1722 si fece fare all'intagliatore locale Manuel Abreu do Ó un nuovo altare maggiore e due altari laterali in talha dorata. Poi vennero le piastrelle. L'anno è dipinto accanto all'altare laterale di Nossa Senhora da Conceição, "ANNO de 1760", e i pannelli, venuti da Lisbona, mostrano le quattordici opere di misericordia, le corporali sul lato dell'Epistola e le spirituali sul lato del Vangelo, più scene della vita di Cristo. Su chi li abbia dipinti, le fonti non sono d'accordo.
Secondo Turismo de Portugal la chiesa servì da parrocchiale dopo il terremoto del 1755, finché Santa Maria non fu riconsacrata nel 1800; gli inventari portoghesi non ne parlano. La Repubblica del 1910 mise fine alle processioni pasquali. Il vincolo arrivò nel 1943, lo stesso anno in cui i tetti furono segnalati in rovina. Nel 1958 il Povo Algarvio scrisse "A igreja da Misericórdia, suplica Misericórdia", e lo Stato riparò tetti, soffitti e facciate fino al 1970. Quell'anno la chiesa fu affidata al comune per un museo di arte sacra che non si fece mai. Nel 1981 la processione del Venerdì Santo tornò a sfilare, e nel 2010 la chiesa aprì come museo.
Mettetevi di fronte al portale, non di sbieco. Guarda a sud, verso la via che porta a una delle antiche porte della città, così da poter essere visto frontalmente da lontano. Nelle paraste ci sono grottesche con coppe, demoni, cigni e putti; negli archi cavalli marini, sirene, aquile, grifoni e una figura con una viola. Sopra il cornicione una finestra rotonda, più in alto la Madonna della Misericordia sotto un baldacchino, lo stemma reale a sinistra, quello della città a destra e Pietro e Paolo in cima. Dentro: cercate l'anno 1760 accanto all'altare della Conceição. La chiesa e le antiche sale del consiglio, le Salas do Despacho, sono gestite come museo dalla Santa Casa; le sale si usano per le mostre.
Le chiese sono orientate est-ovest. Questa volge la facciata a sud, verso la via che portava a una porta della città, e non è trascuratezza. L'inventario dello Stato lo legge come una mossa rinascimentale voluta: la chiesa doveva essere vista di fronte e imporsi nella via. Torna con il contratto, che pretende un portale "onorevole", e con Pilarte, che aveva visto ciò che si costruiva a Lisbona. Una piccola città di provincia ebbe una facciata di cui Haupt non trovò l'uguale in Algarve.
La maggior parte delle chiese di quell'età è finita allo Stato o alla parrocchia. Questa appartiene ancora alla Santa Casa da Misericórdia de Tavira, che ebbe qui la sua sede fino al 1986 e che, secondo Barlavento, custodisce il più antico archivio conosciuto della città, con pergamene del 1425 e il contratto di Pilarte del 1541. Oggi la confraternita gestisce case di riposo, e la chiesa è il suo museo. Questo la rende meno monumento e più luogo di lavoro, un destino migliore del museo di arte sacra che non si fece mai.