Las dos cúpulas sobre la línea del tejado son lo primero que se ve, y son el resultado de una iglesia que se ha dado la vuelta dos veces. La Igreja de São Francisco es lo que queda del convento más antiguo de Tavira, fundado por los franciscanos fuera de la muralla a finales del siglo XIII o principios del XIV. Los terremotos de 1722 y 1755, un derrumbe hacia 1840 y un incendio provocado por un rayo en 1881 se llevaron la mayor parte de la iglesia conventual gótica. Quedan la bóveda de crucería de la sacristía y dos capillas góticas que están abiertas en el jardín de al lado. El resto es la reforma del siglo XIX, y es ella la que hace que merezca la pena pararse delante. Pocas iglesias muestran con tanta claridad lo que una hermandad de laicos hizo con una ruina.
Nadie sabe cuándo llegaron los franciscanos a Tavira. El convento falta en el registro de la orden de 1272 y aparece por primera vez en uno nuevo de 1330. Una crónica franciscana dice que los templarios fundaron la casa. Una historia mejor que la verdadera, pero ningún documento la respalda. Damião de Vasconcelos llamó al convento en 1881 "o mais antigo do Algarve", y eso se sostiene. Estaba fuera de la muralla, con el portal principal hacia el oeste, hacia lo que hoy es el jardín.
Entre en la sacristía. El techo es una bóveda de crucería sexpartita, reunida en una sola clave sobre capiteles con hojarasca, emparentada con los canteros del monasterio de Batalha en el siglo XV. Algunos suponen que la sala era la sala capitular. Fuera, en el jardín, hay dos capillas góticas sin techo: la Capela dos Machados, de finales del siglo XIV, con marcas de cantero, y la Capela dos Costas, del siglo XV, vinculada al mercader Luís Afonso Painho hacia 1458. Capillas funerarias para los comerciantes de la ciudad, no para la nobleza.
En 1517 D. Manuel reformó el convento e hizo colocar su escudo y la esfera armilar en la bóveda del presbiterio. En el siglo XVI la iglesia albergó la hermandad que se convirtió en la Santa Casa da Misericórdia, y a finales del siglo XVII la hermandad de laicos Ordem Terceira de São Francisco se hizo con el transepto. En 1743 Francisco Pereira construyó la Casa do Despacho de la hermandad. Luego vinieron los terremotos de 1722 y 1755. En 1758 el convento seguía sin reparar.
Cuando se suprimieron las órdenes en 1834, la iglesia acabó en manos de la Ordem Terceira. Hacia 1840 o 1843 se derrumbó parte de la nave. La hermandad renunció a la nave, abrió una puerta donde había estado el altar y orientó la entrada hacia el cuartel Quartel da Atalaia. En 1844 el ayuntamiento compró el solar de la nave para cementerio municipal. En 1881 cayó un rayo y la iglesia ardió. En 1884 volvieron a darle la vuelta, ahora con entrada desde la plaza por el brazo norte del transepto. De ahí la cúpula sobre el crucero y la cúpula con linterna sobre el antiguo presbiterio. Dentro: retablo barroco y seis hornacinas con imágenes procesionales.
El portal principal mira al norte, hacia la Praça Zacarias Guerreiro, que la iglesia comparte con la Igreja de São José do Hospital. El jardín de al lado es municipal y está abierto; las dos capillas góticas están exentas dentro. En 2025 el ayuntamiento y la Ordem Terceira acordaron una restauración de tejados, fachadas y campanario por 1,27 millones de euros, así que cuente con andamios. La Procissão dos Passos de Semana Santa sale de aquí.
Las órdenes mendicantes construían donde había espacio y gente, y eso era fuera de la muralla. El convento estaba fuera de la muralla con la puerta principal hacia el oeste, y la ciudad creció a su alrededor. El solar ha cambiado de uso cada vez que la ciudad lo ha necesitado: cementerio desde 1844, porque había que sustituir el antiguo del castillo, jardín después de 1918. El jardín tiene unos 1.800 metros cuadrados, y las capillas están en él como muebles de una casa que ha sido derribada.
La iglesia no está protegida como monumento. El expediente se abrió en 2020 y en 2024 seguía "em vias de classificação". Se entiende la duda. Lo gótico es poco, el resto es un remiendo del siglo XIX. Pero esa es también la cuestión. Uno está en un edificio al que dio la vuelta dos veces una hermandad que remendó y reformó en vez de empezar de cero. La restauración de 2025 afecta a tejados, fachadas y campanario, y la orden se ha comprometido a mantener la iglesia abierta a los visitantes durante al menos diez años.