Kirken og det gamle hospital fylder hele den ene side af Praça Zacarias Guerreiro. Hospital do Espírito Santo blev rejst fra 1454 til syge og sårede fra togterne til Marokko, og det var byens hospital til ind i 2000-tallet. Kirken, som den står, er yngre: bygget om fra 1752 efter Diogo Tavares de Ataídes projekt, forsinket af jordskælvet i 1755 og færdig i 1768, en af Algarves få barokkirker på ottekantet grundplan. Indenfor er højalteret malet, ikke hugget; søjlerne er trompe-l'œil fra 1805. Og i et sidekapel sidder et stjernehvælv fra 1500-tallet med to adelsslægters våben i slutstenene.
Hospitalet er ældre end kirken. Santa Casa da Misericórdia daterer det til 1425 og to broderskaber, São Brás og Espírito Santo; kommunen regner fra 1454, da det blev rejst på en grund fra Afonso V til syge og sårede fra togterne til Marokko. Det ældste synlige er kapellet til venstre, stiftet i 1500-tallet af D. Mécia Corte Real: et stjernehvælv med Melo- og Costa-slægternes våben i slutstenene. En gravsten fra 1549 ligger der endnu, og gulvet er lagt af genbrugte gravsten.
Til 1721 hed kirken Espírito Santo ligesom hospitalet. Så blev den São José. Kommunen skriver, at "det fortælles", at grunden var et mirakel det år med en figur af helgenen, som nu står i et af de små altre ved triumfbuen; en senere overlevering siger, at den svedte blod. Hospitalet beholdt sit navn. Den 24. juli 1747 gav D. João V kirken titel af Capela Real og tog den under sin beskyttelse; derfor kongevåbnet med krone over højalteret og våbenstenen med krone og due på facaden.
I 1752 besluttede kronen at bygge kirke og hospital om under Diogo Tavares de Ataíde fra Faro. Tre år senere kom jordskælvet, og arbejdet trak ud til 1768, årstallet i gavlen. Tavares døde i 1765, før den stod færdig. Grundplanen er et rektangel med afskårne hjørner, en uregelmæssig ottekant efter forbillede i Menino Deus-kirken i Lissabon fra 1712, og den type er sjælden i Algarve. Højalteret kom til i 1805, da Joaquim Rasquinho malede søjler og retabel i trompe-l'œil. Kun tronen og to konsoller er rigtige.
Santa Casa overtog hospitalet i 1921, da inflationen efter Første Verdenskrig havde slået bunden ud af økonomien. Det var byens hospital til ind i 2000-tallet, og så stod bygningen lukket; meget af inventaret forsvandt i de år, siger Santa Casa, men et bundt pergamenter fra grundlæggelsen har de stadig. Den 24. juni 2023 åbnede Núcleo de São José i tre hospitalsrum med indgang gennem kirken: instrumenter, apotekervarer fra 1900-tallet, sygestueskilte og tavler over velgørere.
Museet er åbent hverdage 10-12.30 og 14-17, en anden kilde siger fra 9; adgangen er gennem kirken. Kig efter årstallet i gavlen, våbenstenen med krone og due, og på nordmuren det lille Passo, en processionsstation. Indenfor: stjernehvælvet i kapellet til venstre, gulvets gravsten, og højalteret, hvor man først tæt på ser, at søjlerne er malet. De to små altre ved triumfbuen er oratorier bag glas.
Ottekantede kirker er der ikke mange af i Algarve. Forbilledet er Menino Deus i Lissabon fra 1712. Kilderne siger ikke hvorfor, men kirken havde været Capela Real siden 1747, og genopbygningen var en kongelig beslutning, så opgaven gik ikke til den nærmeste murermester. Daniel Santanas bog om Diogo Tavares de Ataíde hedder kort og godt Arquiteto Algarvio. Han døde i 1765, tre år før kirken stod færdig, så de sidste år er bygget efter hans projekt af andre. Fredningsteksten skriver, at kirken blev "tegnet i 1768". Det passer ikke med dødsåret, og vi lader det stå åbent.
Hospitalsfløjen er en lang, glat, hvidkalket facade med en enkelt barokgavl som pynt, og bagved en moderne tilbygning. Det er ikke arkitekturen, der holder på folk. Det er, at Tavira-boere i mere end fem hundrede år blev behandlet her, og at de sidste generationer husker det selv; da Santa Casa fejrede São José i 2025, var et af punkterne "Chá e Memórias", eftermiddagste med tidligere hospitalsansatte. Museet er tre rum og lille i forhold til den historie. Meget forsvandt, mens bygningen stod tom. Men pergamenterne fra grundlæggelsen ligger der endnu, og kirken er stadig i brug.